Le protocole de Matignon du 14 octobre 2010 prévoit et garantit les conditions
de financement de ce grand chantier par l’État et l’Union Européenne (État 532 M€ / fctva 248 M€ / UE 151 M€ / Région 669 M€).
Le montant du programme a été arrêté à 1.66 Milliard d’€ par la Commission permanente en 2011.

 Le coût prévisionnel des travaux, confirmé par le maître d’oeuvre, a été arrêté à 1.499 M€ HT par la Commission permanente en mai 2012. Un protocole a été signé avec la Caisse des Dépôts et de Consignation (CDC) le 6 décembre 2011 pour réserver un emprunt de 500 M€ pour les projets du protocole de Matignon et l’offre de financement à hauteur de 450 M€ a été confirmée par la CDC le 21 août 2013 pour le projet NRL. L’État a attribué 242 M€ de subventions à la Région Réunion correspondant à la 1ère tranche financière du protocole, dont 219 M€ par la convention AFITF du 29 mars 2012. L’Union Européenne a validé le dossier Grand Projet FEDER pour le programme 2007-2013 en mai 2013 sur lequel 51 M€ ont d’ores et déjà été attribués pour le financement du projet. Avec l’ouverture des autorisations de programmes à hauteur de 1,6 Milliard d’euros au BP 2013 c’est un montant de 133 Millions d’euros de CP qui est inscrit au BP 2014 pour le démarrage effectif des travaux. Le cabinet KLOPFLER a évalué le programme pluri-annuel des investissements de la Région jusqu’en 2021 et a conclu que la trajectoire d’équilibre visée par la collectivité était soutenable au plan financier et budgétaire.